[행정 판결문] 제주지방법원 2023구합5572 - 양도소득세등부과처분취소

 

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제 주 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2023구합5572 양도소득세등부과처분취소

원 고 A

피 고 B

변 론 종 결 2024. 2. 27.

판 결 선 고 2024. 3. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 11. 1. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 22,753,580원(가산세

3,507,583원 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

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가. 원고는 2008. 7. 9. 제주시 소재 주택(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 거래

가액 92,500,000원에 매수하여 2008. 8. 8. 그 소유권이전등기를 마쳤다. 원고의 배우

자 D은 직장인 F 청사가 세종특별자치시로 이전하게 됨에 따라 지방이전 공공기관 종

사자 등에 대한 특별공급으로 2014. 11. 3. 세종특별자치시 소재 주택(이하 ‘이 사건

신규주택’이라 한다)을 취득하여 같은 날 그 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2019. 5. 31. 이 사건 종전주택을 G에게 거래가액 220,000,000원에 매도

하여 2019. 6. 25. 위 주택에 관하여 G 명의의 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이

사건 양도’라 한다). 한편 원고는 2019. 6. 23. 국세상담센터에 이 사건 양도에 관하여

서면으로 질의하였는데 국세상담센터 측은 다음 날 원고에게 아래와 같이 답변하였다.

이에 원고는 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제

29523호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제155조 제1항, 제16항

에서 정하는, 일시적 2주택에 대한 1세대 1주택 비과세 특례가 적용된다고 보아 양도

소득세 신고를 하지 않았다.

다. 피고는 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되어 같은

날부터 시행되다가 2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사

건 시행령’이라 한다) 제155조 제16항에 따라 이 사건 양도에는 비과세 특례가 적용되

지 않는다는 이유로 2021. 8. 2. 원고에게 양도소득세 27,188,366원(신고불성실 가산세

3,933,200원 포함)의 과세예고를 통지하였다.

귀 사례의 경우 일시적 2주택 비과세를 적용받는 경우로서 양도 가액이 9억 원 이하인 경
우에는 비과세 적용되는 것이며, 비과세 되는 경우 양도소득세 신고 의무는 없는 것입니다.
※ 본 답변은 신청자가 제시한 자료만을 근거로 작성하였으며, 법적 효력을 갖는 유권해석
(결정, 판단)이 아니므로 각종 신고, 불복청구 등의 근거자료로서의 효력은 없습니다.

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라. 원고는 이에 불복하여 2021. 9. 7. 피고에게 과세전적부심사를 제기하였고, 피고

는 원고가 국세상담센터에 문의하는 등 납세자로서 신고의무를 이행하기 위한 노력을

다한 것으로 보아, 국세기본법 제48조 제1항 제2호를 적용하여 위 과세예고 통지 상의

양도소득세 중 신고불성실 가산세 3,933,200원 부분을 적용하지 아니하는 ‘일부 채택’

결정을 하였다.

마. 피고는 위 과세전적부심사 결정에 따라 2021. 11. 1. 원고에게 2019년 귀속 양도

소득세 22,753,580원(납부불성실 가산세 3,507,583원 포함)의 부과처분(이하 ‘이 사건

처분’이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 ○○지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2022. 3. 10.

기각되었고, 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2023. 2. 16. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 관계 법령

1) 별지 기재와 같다.

2) 이 사건의 쟁점 규정인 지방이전 공공기관 종사자에 대한 1세대 1주택 비과세

특례 조항에 관하여 보건대, 개정 전 시행령 제155조 제16항(이하 ‘개정 전 시행령 조

항’이라 한다)은 수도권에 소재한 중앙행정기관 등이 수도권 밖으로 이전하여, 그 종사

자가 이전하는 시․군 등에 신규주택을 취득한 경우, 그로 인해 일시적으로 1세대 2주

택 상태가 되었다 하더라도 5년 이내에 기존에 취득하였던 주택(종전주택)을 양도하면

1세대 1주택 비과세 특례가 적용되는 것으로 규정하였다. 일시적 2주택에 대한 1세대

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1주택 비과세 특례가 적용되는 일반적인 유예기간은 3년인데(제155조 제1항), 이를 2

년 더 연장한 것이다.

그런데 2019. 2. 12. 개정되어 같은 날부터 시행된 이 사건 시행령 제155조 제

16항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 지방이전 공공기관 종사자(세대)가 수도

권에 1주택을 소유한 경우에 한정하여 위 유예기간 연장특례가 적용되도록 규정하였

고, 따라서 이 사건과 같이 수도권 밖에 1주택을 소유한 경우에는 제155조 제16항이

아니라 같은 조 제1항이 적용되어 3년 이내에 기존에 취득했던 주택을 양도한 경우에

만 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되게 되었다.

나. 원고 주장의 요지1)

1) 이 사건 시행령 조항은 다음과 같은 이유로 위헌․위법하여 무효이므로 이에

근거한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

원고는 이 사건 시행령이 시행되기 이전부터 비수도권지역에 이 사건 종전주택

을 보유하고 있었는바 이 사건 시행령 조항은 원고의 비과세 기대권을 침해하여 소급

과세금지원칙과 신뢰보호원칙에 위배되고, 종전주택의 소재지가 수도권인 경우와 그렇

지 않은 경우를 합리적 이유 없이 차별하고 있다.

2) 나아가 이 사건 처분 중 납부불성실 가산세 부분은 다음과 같은 이유로 위법하

므로 취소되어야 한다.

원고는 이 사건 양도에 관하여 국세상담센터에 문의하였고 그 답변에 따라 양도

소득세 신고를 하지 아니하였을 뿐이다. 따라서 국세기본법 제48조 제1항 제2호의 ‘납

1) 원고는 ‘이 사건 시행령 조항은 개정과정에서 적법한 입법예고를 거치지 아니한 절차적 하자가 존재하므로 무효이고, 따라서
이에 근거한 이 사건 처분은 취소되어야 한다.’는 취지로도 주장한다. 그러나 을 제3호증의1의 기재에 의하면 기획재정부 장
관은 2019. 1. 8. 행정절차법 제41조 제1항, 제5항, 제42조에 따라 인터넷 등에 이 사건 시행령의 개정령안을 입법예고한 사
실이 인정되므로 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이지 아니한다.

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세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우’에 해당한다.

다. 이 사건 시행령 조항의 위헌․위법 여부

1) 소급과세금지원칙(헌법 제13조 제2항) 위반 여부

양도 자산이 과세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하는 것으

로서, 이 사건 시행령 조항은 그 시행 이전에 이미 과세요건이 완성된 것에 대하여 적용

되는 것이 아니라 소득세법 시행령 부칙(2019. 2. 12.) 제2조 제2항에 따라 그 시행 이

후에 과세요건이 완성되는 것에 대해 적용되는 것이므로 헌법 제13조 제2항이 금지하는

소위 ‘진정소급입법’에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 종래의 법적 상태의 존속을 신뢰

한 사람에 대한 신뢰보호의 문제를 발생시킬 뿐, 소급과세금지원칙에 위반되지 않는다.2)

2) 조세평등주의 및 신뢰보호의 원칙 위반 여부

지방이전 공공기관 종사자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례규정은 수도권에 소

재하였던 공공기관이 지방으로 이전되지 않는다면 그 종사자들이 굳이 지방에 주택을

매입할 이유도 없는 경우가 대부분으로 일시적 2주택에 대한 종전주택의 처분기한을 5

년으로 연장하여 수도권 소재 공공기관의 지방이전을 장려함과 동시에 지방주택을 취

득한 공공기관 종사자들에게 종전주택을 처분할 수 있는 충분한 기간을 부여하기 위한

취지에서 신설된 것인바, 그 적용 대상이 되는 종전주택의 소재지를 본래 공공기관이

소재하였던 수도권으로 한정한 이 사건 시행령 조항이 비수도권에 종전주택을 보유하

였던 공공기관 종사자 세대를 합리적 이유 없이 차별하는 것이라고 할 수 없다.

또한 조세 법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지

면세요건 및 범위를 정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 않는 이상 입법자의 입

2) 헌법재판소 2003. 4. 24. 선고 2002헌바9 전원재판부 결정 등 참조

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법재량에 속하는 것으로서 원칙적으로 입법자가 입법정책적으로 결정하는 사항인바 설

령 비수도권에 종전주택을 보유하였던 공공기관 종사자의 세대원이 개정 전 시행령 조

항에 따라 비과세 특례가 적용되는 유예기간의 연장이 그대로 유지될 것이라고 신뢰하

였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보

호되어야 할 정도의 것으로 볼 수 없다.

따라서 이 사건 시행령 조항은 조세평등주의나 신뢰보호원칙에 위반되지 아니한다.

라. 이 사건 처분 중 납부불성실 가산세 부분의 위법 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세

자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는

바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는

것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원

2004. 9. 24. 선고 2003두10350 판결 등 참조).

이 사건의 경우 국세상담센터의 답변은 그 답변서에 명시된 바와 같이 비과세 요건

충족 여부에 대한 행정기관의 유권해석이 아니라 단순한 상담 내지 안내 수준의 행정서

비스에 불과하므로 원고가 이를 신뢰하고 개정된 관계 법령을 찾아보지 아니하였다는 사

정은 법령의 부지 또는 오인에 불과하여 납세의무 위반에 대한 정당한 사유에 해당하지

아니한다. 따라서 이 사건 처분 중 납부불성실 가산세 부분도 아무런 위법이 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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재판장 판사 홍순욱

판사 강미혜

판사 이승현

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관계 법령
□ 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것)
제89조(비과세 양도소득)
① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세

하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는

고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으
로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한
다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등

으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택
□ 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)
제155조(1세대1주택의 특례)
① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하

기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한
경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년
이상이 지난 후 신규주택을 취득하고 그 신규주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택
이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득{조정대상지역의
공고가 있은 날 이전에 신규주택(신규주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항
에서 같다)을 취득하거나 신규주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급
한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전
의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세
대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및
제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후
다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가

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제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및
그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주
택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것
으로 본다.

⑯ 제1항을 적용할 때 수도권에 소재한 법인 또는 「국가균형발전 특별법」 제2조제9호에 따
른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는 경우로서 법인의 임원과 사용인 및 공공기
관의 종사자가 구성하는 1세대가 취득하는 다른 주택이 해당 공공기관 또는 법인이 이전한
시(특별자치시·광역시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」
제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군 또는 이와 연접
한 시·군의 지역에 소재하는 경우에는 제1항 중 "3년"을 "5년"으로 본다. 이 경우 해당 1
세대에 대해서는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는
요건을 적용하지 아니한다.

□ 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되어 같은 날부터 시행되다
가 2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것)

제155조(1세대1주택의 특례)
① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하

기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한
경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년
이상이 지난 후 신규주택을 취득하고 그 신규주택을 취득한 날부터 3년 이내[종전의 주택
이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득{조정대상지역의
공고가 있은 날 이전에 신규주택(신규주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 항
에서 같다)을 취득하거나 신규주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급
한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다}하는 경우에는 2년 이내]에 종전
의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세
대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 제154조제1항제1호, 제2호가목 및
제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후
다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가
제154조제1항제2호가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및

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그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주
택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것
으로 본다.

⑯ 제1항을 적용(수도권에 1주택을 소유한 경우에 한정한다)할 때 수도권에 소재한 법인 또는
「국가균형발전 특별법」 제2조제9호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역으로 이전하는
경우로서 법인의 임원과 사용인 및 공공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 취득하는 다른
주택이 해당 공공기관 또는 법인이 이전한 시(특별자치시·광역시 및 「제주특별자치도 설
치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다.
이하 이 항에서 같다)·군 또는 이와 연접한 시·군의 지역에 소재하는 경우에는 제1항 중 "3
년"을 "5년"으로 본다. 이 경우 해당 1세대에 대해서는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년
이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

□ 소득세법 시행령 부칙(2019. 2. 12.)
제2조(일반적 적용례)
② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.
□ 국세기본법
제48조(가산세 감면 등)
① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다

음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우. 끝.