[행정 판결문] 서울행정법원 2024구단61790 - 취득세등부과처분취소
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서 울 행 정 법 원
판 결
사 건 2024구단61790 취득세등부과처분취소
원 고 A
피 고 서울특별시 종로구청장
변 론 종 결 2025. 4. 2.
판 결 선 고 2025. 5. 14.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2023. 5. 26. 원고에 대하여 한 취득세 99,008,000원, 지방교육세 9,900,800원, 농
어촌특별세 4,950,400원의 경정거부처분을 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1956. 9. 3. 설립되어 ‘기독교 서적 출판’을 주된 사업으로 하는 재단법인
이다.
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나. 원고는 2018. 5. 3. 서울 종로구 S 대 379.2㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 지
상 건물을 취득하고, 같은 날 취득세 208,000,000원, 지방교육세 20,800,000원, 농어촌
특별세 10,400,000원 합계 239,200,000원을 신고‧납부하였다.
다. 원고는 이 사건 토지 지상에 지하 1층, 지상 5층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라
한다)을 신축하고 2020. 6. 19. 사용승인을 받은 후 이 사건 건물로 원고의 주 사무소
를 이전하였다. 층별 사용 용도는 다음과 같다[지하 1층은 ‘제1종근린생활시설(휴게음
식점)’, 4층, 5층은 ‘제2종근린생활시설(사무소)’에서 2020. 12. 23.경 용도가 변경되었
다].
층 면적(㎡)
용도 원고의
면제 주장건축물대장 사용용도
지상 5층 72.67 종교집회장 상임이사실 ○
지상 4층 130.55 종교집회장 이사장실 ○
49.2 법인사무국 ○
지상 3층 60.1 사무소 제작부 X
67.55 디자인부 X
지상 2층 199.47 서점 성경부, 편집부 X
지상 1층 178.78 서점 재정부, 전산부 X
지하 1층 207.18 종교집회장 예배실, 선교협력실 ○
합계 965.5 459.6㎡(47.6%)
라. 원고는 2020. 8. 18. 이 사건 건물 중 지하 1층이 지방세특례제한법 제50조 제1
항 본문에 따라 취득세가 면제된다고 보고, 나머지 부분에 대하여만 지방세법 제13조
제1항에 따른 대도시 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 319,233,950원을 신
고‧납부하였다가, 2020. 10. 5. 지하 1층에 대해 대도시 중과세율을 적용하여 산출한
취득세 등 합계 87,239,400원을 추가로 신고‧납부하였다.
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마. 원고는 이 사건 건물 연면적 965.5㎡ 중 47.6%(합계 459.6㎡)를 종교용도로 사용
하고 있으므로 이 사건 토지 중 47.6%는 종교용도로 취득한 것으로 보아야 한다고 주
장하면서, 2023. 3. 28. 피고에게 이 사건 토지 등에 관한 취득세 등 합계 239,200,000
원 중 113,859,200원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 2023. 5. 26. 피고로부터
거부 처분을 받았다.(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
바. 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2024. 2. 16. 기각결정을 받았다.
[인정근거] 갑 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고 주장의 요지
원고는 종교단체이고, 이 사건 건물 중 47.6%(합계 459.6㎡, 처분의 경위 표 중 ‘원
고의 면제 주장’ 부분)는 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하는
부동산이다. 이 사건 건물 부지인 이 사건 토지 중 47.6%는 지방세특례제한법 제50조
제1항 본문에 따라 취득세 등이 면제되어야 한다.
나. 관계 법령
지방세특례제한법
제50조 【종교단체 또는 향교에 대한 면제】
① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하
여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. -이하 생략-
다. 인정사실
❶ 원고 정관상 목적 및 사업은 다음과 같다.
제3조(목적)
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❷ 원고는 수익사업부인 ‘B말씀사’를 통해 기독교 서적 출판 및 유통을 한다. 수익사업
부의 2018년~2019년도 손익계산서 내용과 2019년도 고유목적사업비 지출명세는 다음
과 같다.
❸ 피고 소속 담당 공무원이 2020. 8. 19. 이 사건 건물을 방문하여 촬영한 사진에 의
하면, 이 사건 건물 중 지하 1층에는 통상 휴게음식점에서 볼 수 있는 일반적인 형태
본 법인은 예수 그리스도의 복음을 전파하여 사람들을 그리스도에게 인도하고 하나님의 말
씀을 가르쳐서 그리스도를 믿고 그 뜻을 순종하여 행복한 삶을 살게 하는 데 있다.
제4조(사업)
전 조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업을 행한다.
1. 국내외에 기독교 복음전파와 교회설립
2. 기독교 서적 출판 및 반포하는 일
3. 기독교 신앙 수련 및 교육하는 일
4. 기독교 선교 방송 사업
5. 자선사업을 통해 불우한 이웃을 돕는 일
6. 청소년 수련과 교육으로 건전한 미래 지도자 양성
7. 위 각항에 부대되는 사업 일체
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의 테이블과 의자가 있고, 전자레인지, 정수기 등이 있으며, 작은 크기의 십자가와 설
교대가 있다.
➍ 피고 소속 담당 공무원이 2020. 9. 17. 이 사건 건물을 방문하여 지하 1층 용도를
묻자 원고 직원은 ‘예배실로 사용하고, 예배시간 외에는 직원들의 휴게실, 외부 손님을
맞는 접객실 등으로 사용한다’고 답변하였다.
❺ 원고는 매주 월요일 9시경 이 사건 건물 지하 1층에서 원고 직원들이 참석한 가운
데 예배를 드리고, 다음과 같이 회의 용도로 지하 1층 일부를 대여하기도 하였다.
[인정근거] 갑 제1, 6, 9, 10, 18 내지 25, 30, 32, 33호증, 을 제1호증의 각 기재 내지
영상, 변론 전체의 취지
라. 판단
1) 기독교 종교단체는 일반적으로 종교의식, 예배, 찬양집회, 종교교육, 선교 등을 주
목적으로 담임목사와 종교관련 종사자 및 신도들로 구성된 조직을 지칭한다. 원고의
정관상 목적에 따르면, 원고는 예수 그리스도의 복음 전파라는 선교를 목적으로 하여
종교단체에 해당한다.
2) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하면, 원고는
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이 사건 건물을 수익사업인 기독교 서적 출판업을 위하여 취득하고 사용하고 있어, 이
사건 건물 중 일부만 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용한다고 할 수 없다.
❶ 지방세특례제한법 제50조 제1항은 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직
접 사용하기 위한 취득한 부동산에 대해 취득세를 면제한다. 종교단체에게 일정 부동
산에 대하여 세금을 면제하는 취지는 그 단체가 수행하는 ‘종교행위를 목적으로 하는
사업’, 즉 ‘종교사업’의 공익성을 감안하여 종교의 사회적 기능과 역할을 원활히 수행할
수 있도록 지원하기 위한 것이다. 세금면제 취지를 고려하면, 종교행위는 종교의식 등
종교단체 본연의 사업인 신앙적 종교의식으로 제한된다.
종교단체가 부동산을 ‘종교사업에 사용’한다는 것은 현실적으로 부동산을 종교사업 자
체에 직접 사용하는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 종교단체의 사업목적과
취득목적을 고려하여 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원
2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조).
❷ 수익을 구성원에게 분배하지 않는다는 의미에서 원고는 ‘비영리법인’이다. 그러나
원고는 기독교서적 출판 및 판매업을 통해 수익을 얻고 있어 ‘기독교서적 출판 및 판
매업’은 수익사업이고, 이를 종교행위라고 할 수 없다. 원고는 수익사업 외에 일반인을
상대로 예배 등을 별도로 하지 않고, 고유목적사업비 지출 명세에 비춰 장학금이나 선
교비 등을 지원하는 방식으로 선교행위를 하는 것으로 보인다. 원고의 수익사업 매출
액, 이익금, 선교비 등이 차지하는 금원은 미미한 점 등을 고려하면, 원고는 수익사업
이 주된 사업이다.
수익사업을 주된 목적으로 위해 취득한 부동산의 취득세를 면제하는 것은, 지방세특례
제한법상 세금면제 취지에도 맞지 않고 영리법인과 형평에도 맞지 않는다(비영리법인
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이 수익사업을 영위하여 영리법인과 경쟁관계에 서게 되는 이상 양자 간 세 부담에 차
이를 두게 되면 불공정한 결과가 초래될 수 있으므로 비영리법인이라 하더라도 수익사
업 소득금액에 대하여는 법인세법 제3조 제3항에 따라 법인세 납부의무를 부담한다).
❸ 원고 법인의 주된 사업 내용을 고려하면, 원고 법인 운영을 위한 법인 사무국, 이사
장실, 상임이사실 등도 주된 용도는 수익사업을 위한 것으로 보아야 한다.
❹ 이 사건 건물 대부분은 수익사업인 기독교서적 출판 관련 부서가 사용하고 있다.
지하 1층은 비품이나 실제 이용 현황에 비춰 직원 휴게실이나 회의실 용도로 활용되고
있다. 매주 월요일 직원들을 대상으로 예배가 있기는 하나 주된 용도는 직원용 공간이
고, 부수적으로 예배 목적으로 활용되는 것이어서 이를 예배를 주된 용도로 사용한다
고 할 수 없다. 선교 목적으로 다른 종교단체에게 회의실로 빌려준 것도 2년에 2회에
불과하고, 회의 용도여서 이를 종교행위라고 할 수 없으며, 또한 주된 용도도 아니다.
원고가 지하 1층에서 기독교 도서 북클럽을 여는 것은 수익사업을 위한 용도로 볼 수
있다.
3) 이 사건 건물 중 일부분이 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용된다고 할
수 없다. 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.
3. 결 론
원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.