[행정 판결문] 서울행정법원 2024구합85106 - 취득세 등 경정거부처분취소

 

[행정] 서울행정법원 2024구합85106 - 취득세 등 경정거부처분취소.pdf

0.22MB

[행정] 서울행정법원 2024구합85106 - 취득세 등 경정거부처분취소.docx

0.01MB

 

 

- 1 -
서 울 행 정 법 원
제 2 부
판 결
사 건 2024구합85106 취득세 등 경정거부처분취소
원 고 A
피 고 서울특별시 성북구청장
변 론 종 결 2026. 3. 19.
판 결 선 고 2026. 4. 16.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2023. 8. 2. 원고에게 한 취득세 등 643,276,530원의 경정거부처분을 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 2010. 4. 29. 서울 성북구 B 일대에서 주택재개발정비사업(이하 ‘이 사건 
- 2 -
정비사업’이라 한다)을 시행하기 위하여 설립 등기를 마친 재개발조합이다. 원고는 이 
사건 정비사업에 관하여 2013. 11. 26. 사업시행인가, 2016. 3. 18. 관리처분계획인가, 
2021. 12. 28. 사업시행변경인가를 받았고, 공사에 착공하여 2022. 1. 27. 준공인가를 
받고, 2022. 5. 6. 이전고시를 마쳤다. 
나. 변경 인가된 사업시행계획 중 ‘정비기반시설’ 부분은 다음과 같다. 이 사건 정비
사업의 시행으로, 합계 19,493.1㎡의 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설이 
용도폐지되고(이하 ‘이 사건 용도폐지 정비기반시설’이라 한다), 합계 32,157.4㎡의 정
비기반시설이 새로 설치되었다(이하 ‘이 사건 신설 정비기반시설’이라 한다). 
다. 성북구(이하 편의상 피고와 구분하지 않고 ‘피고’라 한다)는 2022. 5. 23. 이 사건 
신설 정비기반시설에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다. 
라. 원고는 2022. 3. 23. 피고에게, 원고가 이 사건 신설 정비기반시설(면적 
32,157.40㎡)을 원시취득하였음을 전제로 과세표준(144,882,104,481원)과 세율(원시취득 
세율 28/1000)을 적용하되, 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정
되기 전의 것) 제73조의2 제1항(기부채납용 부동산 등에 대한 감면),1) 제177조의2 제1
1) 부칙 <법률 제16041호, 2018. 12. 24.> 
제11조(기부채납용 부동산 등에 대한 취득세 경감에 관한 경과조치)
이 법 시행 전 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 것을 조건으로｢국토의 계획 및 이용에 관한 
법률」 제56조에 따른 개발행위허가, 같은 법 제88조에 따른 실시계획의 인가 또는 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법」 제15
- 3 -
항 본문(지방세 감면 특례의 제한)에 따라 감면율을 100분의 85로 하여, 취득세 
608,504,830원 및 지방교육세 34,771,700원 합계 643,276,530원을 신고ㆍ납부하였다. 
마. 원고는 2023. 6. 8. 피고에게, 이 사건 신설 정비기반시설의 취득이 지방세법 제
9조 제2항 본문에 따라 취득세 비과세대상이라는 이유로 납부한 취득세 등의 환급을 
구하는 경정청구를 하였다. 
바. 피고는 2023. 8. 2. ‘원고가 이 사건 용도폐지 정비기반시설을 무상으로 양도받았
으므로, 이 사건 신설 정비기반시설은 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호가 적용되어 
취득세 비과세대상이 아니다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 
처분’이라 한다). 
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 10호증, 을 제1호증(가지번호 포함, 이하 같
다)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 관계 법령
별지 기재와 같다.
3. 이 사건 처분의 위법 여부
가. 원고의 주장
이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.
1) 주위적으로, 이 사건 신설 정비기반시설은 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시
정비법’이라 한다) 제97조 제2항 전단, 제5항에 따라 준공인가통지일에 피고에게 소유
권이 원시적으로 귀속되므로, 이에 관한 원고의 취득세 납부의무가 성립하지 않는다. 
2) 예비적으로, 설령 원고가 이 사건 신설 정비기반시설을 취득하였다고 하더라도, 
조에 따른 실시계획의 승인을 받은 경우로서 이 법 시행 이후 해당 부동산 또는 사회기반시설을 취득하는 경우의 취득세의 
감면은 제73조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따라 취득세를 면제한다.
- 4 -
원고는 도시정비법 제97조 제2항 전단에 따라 피고에게 귀속될 것을 조건으로 이 사건 
신설 정비기반시설을 취득하는 것이므로 지방세법 제9조 제2항 본문에 따라 취득세가 
비과세되어야 한다. 도시정비법 제97조 제2항 후단에 따른 이 사건 용도폐지 정비기반
시설 무상양도는 같은 항 전단에 따른 이 사건 신설 정비기반시설 무상귀속의 반대급
부에 해당하지 않으므로, 이 사건 신설 정비기반시설의 취득에 관하여 지방세법 제9조 
제2항 단서 제2호는 적용되지 않는다. 
나. 주위적 주장에 관한 판단
1) 지방세법상 ‘취득’이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건
축, 개수(改修), 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 
취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말하고(제6조 제1호), 
부동산등의 취득은 ｢민법」등 관계 법령에 따른 등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라
도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 
각각 취득자로 한다(제7조 제2항). 
취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 
부과하는 유통세의 일종으로, 취득자가 재화를 사용ㆍ수익ㆍ처분함으로써 얻을 수 있는 
이익을 포착하여 부과하는 것이 아니고 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 
취득하는지 여부와 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이다(대법
원 2004. 11. 25. 선고 2003두13342 판결 등 참조). 
도시정비법 제96조에 따르면 사업시행자는 관할 지방자치단체의 장과의 협의를 
거쳐 정비구역에 정비기반시설을 설치하여야 한다.
2) 원고는 재개발정비사업의 사업시행자로서, 사업시행계획에 따라 설치비용을 부
- 5 -
담하여 이 사건 신설 정비기반시설 설치 공사를 마쳤다. 원고는 이 사건 신설 정비기
반시설의 준공 당시 이 사건 신설 정비기반시설을 건축함으로써 이를 원시취득하였다. 
원고의 이 사건 신설 정비기반시설 준공은 지방세법 제6조 제1호의 취득에 해당하고, 
등기에 상관없이 그 물건의 사실상 소유자인 원고가 지방세법 제7조 제2항에 따른 납세
의무자이다(원고 역시 이 사건 신설 정비기반시설의 원시취득을 전제로 취득세 신고를 
마쳤다). 
3) 도시정비법 제97조 제2항은 ‘시장ㆍ군수 등 또는 토지주택공사 등이 아닌 사업
시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또
는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또
는 지방자치단체 소유의 정비기반 시설은 사업시행자가 새로 설치하는 정비기반시설의 
설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다‘고 규정하고 있다. 위 규정은 
정비사업의 원활한 추진을 위하여 국ㆍ공유 행정재산의 취득절차를 간소화하기 위한 
것이다.2) 행정재산은 원칙적으로 용도폐지결정을 통해 일반재산으로 변경되어야 비로
소 매각 등이 가능하고, 국가 또는 지방자치단체 역시 일반재산을 취득한 후 이를 행
정재산으로 지정하여야 한다. 도시정비법 제97조 제2항은 행정재산인 기존 정비기반시
설을 용도폐지 후 사업시행자에게 양도하고, 신설 정비기반시설을 관리청에게 귀속하는 
일련의 과정을, 준공인가통지가 이루어지는 시점에 법률 규정에 의하여 민법 제187조
에 따른 물권변동 효과가 발생하도록 함으로써 행정사무 처리의 효율화를 도모하기 
2) 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호 도시 및 주거환경정비법 부칙 제2조로 폐지)은 1995. 12. 29. 법률 제5116호로 
전부 개정되면서 제56조에 ‘토지등의 소유자ㆍ조합 또는 제3개발자인 시행자가 재개발사업의 시행으로 새로이 설치한 공공시
설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 재개발사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 
또는 지방자치단체 소유의 공공시설은 국유재산법 및 지방재정법의 규정에 불구하고 그가 새로이 설치한 공공시설의 설치비
용에 상당하는 범위 안에서 시행자에게 무상으로 양도된다.’는 규정으로 新․舊 공공시설의 무상귀속․양도 제도를 도입하였
다. 그 개정이유는 ‘재개발사업을 원활히 추진하기 위하여 국ㆍ공유지의 매각절차를 간소화’하는 것이었다(법제처 국가법령정보
센터 참조).
- 6 -
위한 것이다. 지방세법상 ‘취득’은 사실상 취득을 포함하는 개념으로 과세대상 여부는 
지방세법에 따라 결정된다. 도시정비법 제97조 제2항 본문을 근거로 과세대상인 원고
의 이 사건 신설 정비기반시설의 사실상 취득을 부인할 수 없다. 이에 반하는 원고의 
주위적 주장은 받아들이지 않는다. 
다. 예비적 주장에 관한 판단
1) 지방세법 제9조 제2항 본문은 ’국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득
하는 부동산 및 사회기반시설에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다‘고 규정하고 있
다. 이는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 것은 
부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등
이 직접 부동산을 취득하고 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 
보아 그 경우 취득세 및 등록세를 비과세하는 취지이다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2010
두6977 판결 등 참조). 그런데 ’국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유 하고 
있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우’는 위와 같은 입법 취지에 반
하므로 2015. 12. 29. 법률 제13636호 개정을 통하여 비과세 대상에서 제외되는 지방
세법 제9조 제2항 단서 제2호가 추가되었다. 즉 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에 
따라, 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반
시설을 무상으로 양여받는 경우에는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 대
해서도 취득세가 부과된다. 
2) 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정은, 민간 사업시행자에 의해 새로 설치된 
정비기반시설이 전단 규정에 따라 관리청에 무상으로 귀속됨으로 인해 야기되는 사업
시행자의 재산상 손실을 고려하여, 그 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치
- 7 -
비용에 상당하는 범위 안에서 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자
치단체 소유의 정비기반시설을 그 사업시행자에게 무상으로 양도되도록 하여 위와 같
은 재산상의 손실을 합리적인 범위 안에서 보전해 주고자 하는데 그 입법 취지가 있다
(대법원 2007. 4. 13. 선고 2006두11149 판결 등 참조). 
도시정비법 제97조 제2항 후단은 ‘무상 양도’라고 표현하고 있지만, 용도폐지 정비
기반시설의 양도에 관한 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정은 전단 규정의 적용을 
전제로 ‘신설 정비기반시설’의 설치비용 보전을 위해 받는 것이다(만일 새로 설치하는 
정비기반시설이 없다면 도시정비법 제97조 제2항 후단 규정이 적용될 여지도 없다). 
도시정비법 제97조 제2항 후단 규정의 입법 취지, 도시정비법 제97조 제2항 후단 
규정이 전단 규정을 전제로 하는 점 등을 고려하면, 이 사건 용도 폐지 정비기반시설의 
양도는 지방세법 제9조 제2항 단서 제2호에서 정한 이 사건 신설 정비기반시설 귀속의 
반대급부로 양도받는 것에 해당한다. 원고의 이 사건 신설 정비기반시설 취득은, 지방
세법 제9조 제2항 단서 제2호에 따라 취득세 과세대상이다. 원고의 예비적 주장도 받
아들이지 않는다. 
4. 결론
원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 
- 8 -
별지
관계 법령
▣ 도시 및 주거환경정비법
제96조(정비기반시설의 설치) 
사업시행자는 관할 지방자치단체의 장과의 협의를 거쳐 정비구역에 정비기반시설(주거환경개선
사업의 경우에는 공동이용시설을 포함한다)을 설치하여야 한다.
제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속)
② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 
정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 
시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 
새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다.
⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시
행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하
여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 
때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다.
▣ 구 지방세법(2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것]
제6조(정의)
취득세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음 각 호와 같다. 
1. “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수(改修), 공유수면의 
매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 그 밖에 이와 유사한 취득으로서 원시취득(수용재결로 
취득한 경우 등 과세대상이 이미 존재하는 상태에서 취득하는 경우는 제외한다), 승계취득 
또는 유상ㆍ무상의 모든 취득을 말한다.
제7조(납세의무자 등)
① 취득세는 부동산, 차량, 기계장비, 항공기, 선박, 입목, 광업권, 어업권, 양식업권, 골프회원권, 
승마회원권, 콘도미니엄 회원권, 종합체육시설 이용회원권 또는 요트회원권(이하 이 장에서 
“부동산등”이라 한다)을 취득한 자에게 부과한다. 
- 9 -
② 부동산등의 취득은 「민법」, 「자동차관리법」, 「건설기계관리법」, 「항공안전법」, 「선박법」, 
「입목에 관한 법률」, 「광업법」, 「수산업법」 또는 「양식산업발전법」 등 관계 법령에 따른 
등기ㆍ등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득
물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비, 항공기 및 주문을 
받아 건조하는 선박은 승계취득인 경우에만 해당한다. 
제9조(비과세)
② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가등”이라 한다)에 귀속 또는 
기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 
포함한다. 이하 이 항에서 “귀속등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시
설에 대한 민간투자법」 제2조제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 
부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 
취득세를 부과한다. 
2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상
으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우
제10조의4(원시취득의 경우 과세표준) 
① 부동산등을 원시취득하는 경우 취득당시가액은 사실상취득가격으로 한다.
② 제1항에도 불구하고 법인이 아닌 자가 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 사실상취득가
격을 확인할 수 없는 경우의 취득당시가액은 제4조에 따른 시가표준액으로 한다.
제11조(부동산 취득의 세율) 
① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 
호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 
3. 원시취득: 1천분의 28
▣ 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것)
제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)
① 「지방세법」 제9조제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 
지방자치단체조합(이하 이 조에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(이하 이 조에
서 "귀속등"이라 한다)의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 
무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 
또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제한다.
- 10 -
제177조의2(지방세 감면 특례의 제한)
① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 
경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 
말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정
에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조제1항부터 제4항까지의 
세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당
하는 경우에는 그러하지 아니하다. <각 호 생략> 끝.