[행정 판결문] 서울행정법원 2022구합78104 - 법인세부과처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 4 부

판 결

사 건 2022구합78104 법인세부과처분취소

원 고 A

피 고 성동세무서장

변 론 종 결 2024. 4. 12.

판 결 선 고 2024. 6. 14.

주 문

1. 피고가 2021. 5. 7. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 64,251,120원의 경정처분을

취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

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가. B의 주식 취득 및 공익법인인 원고에 대한 주식 기부

1) 원고는 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의

것) 제36조 제1항 제1호 사목, 제1항 제5호에 따라 기획재정부장관으로부터 지정기부

금단체로 지정된 법인으로서 구 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣(2018. 2. 13. 대통령령

제28638호로 개정되기 전의 것) 제12조에 규정된 공익법인에 해당한다.

2) B는 다음 표 기재와 같이 합병 전 C(상호가 ‘D’였다가 2010. 9. 1. ‘C’로 변경되

었다. 이하 ‘합병 전 C’라 한다)가 발행한 주식을 취득․보유하였다.

사업연도 변동원인 기초 주식 수 증가 주식 수 감소 주식 수 기말 주식 수
2009 유상증자 0 250,000 0 250,000
2010 유상증자 250,000 577,880 19,500 808,380
2011 액면분할 808,380 7,275,420 0 8,083,800

3) E(2014. 10. 31. 상호를 ‘F’로, 2015. 9. 23. ‘C’로 각각 변경하였다. 이하 상호

변경 전후를 불문하고 ‘E’라 한다)는 2014. 10. 1. 합병 전 C를 흡수합병하였고, 그 결

과 B가 보유하던 합병 전 C 발행주식 8,083,800주에 대하여 합병신주 12,574,461주[=

8,083,800주 × 1.5555137(합병 전 C 발행 주식 1주에 대한 합병신주의 배정비율), 이

하 ‘이 사건 합병신주’라 한다]가 배정되어 B가 이를 보유하게 되었다.

4) B는 2016. 7. 13. 원고에게 이 사건 합병신주 중 10,000주(이하 ‘이 사건 주식’

이라 한다)를 기부하였다.

나. 원고의 이 사건 주식 매도 및 법인세 신고․납부 등

1) 원고는 2016. 11. 22.부터 2017. 7. 20.까지 이 사건 주식을 매도한 뒤 2017.

11. 30. 이 사건 주식의 취득가액을 1주당 액면가액 500원으로 하여 산정한 이 사건

주식의 처분이익 950,000,000원을 익금에 산입하여 2017 사업연도(2016. 9. 1.부터

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2017. 8. 31.까지) 법인세 산출세액 64,251,120원을 신고․납부하였다.

2) 원고는 피고에게, 공익법인이 개인으로부터 기부받은 자산의 취득가액을 해당

공익법인의 취득 당시 시가로 보아야 한다는 이유로 이 사건 주식의 취득가액을 1주당

95,500원(원고가 취득한 2016. 7. 13. 기준 가액)으로 하여 이 사건 주식의 처분이익을

다시 산정하여 원고가 이미 납부한 2017 사업연도 법인세를 환급해 달라는 경정청구

를 하였고, 피고는 이를 받아들여 원고에게 2017 사업연도 법인세 64,251,120원을 환

급하였다.

다. 피고의 법인세 경정처분

1) 서울지방국세청장은 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과 구 법인세법 시행령

(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라

한다) 제72조 제2항 제5의3호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 공익법인이 특수

관계인이 아닌 개인으로부터 기부받은 자산의 취득가액은 해당 공익법인의 취득 당시

의 가액이 아니라 기부자인 개인의 취득 당시의 가액으로 보아야 한다는 이유로 피고

에게 이 사건 주식의 취득가액을 1주당 액면가액 500원으로 하여 산정한 법인세를 원

고에게 경정․고지할 것을 통지하였다.

2) 피고는 2021. 5. 7. 원고에게 이 사건 주식의 취득가액을 1주당 액면가액 500원

으로 하여 산정한 2017 사업연도 법인세 64,251,120원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사

건 처분’이라 한다).

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑1, 2호증, 갑3호증의 1, 갑4 내지 7호증, 을1, 4, 5, 6

호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 규정

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별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 규정의 내용

구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세

법’이라 한다) 제41조 제1항은 내국법인이 매입, 제작, 교환, 증여 등에 의하여 취득한

자산의 취득가액으로 ‘타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 더한 금액’

(제1호), ‘자기가 제조․생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한

자산은 제작원가에 부대비용을 더한 금액’(제2호), ‘제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당

시의 대통령령으로 정하는 금액’(제3호)을 각각 규정하고 있고, 제41조 제2항은 제1항

에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대

통령령으로 정한다고 규정하였다.

구 법인세법 제41조 제1항, 제2항의 위임을 받은 이 사건 조항은 ｢상속세 및 증여

세법 시행령｣ 제12조에 따른 공익법인 등이 기부받은 자산 중 특수관계인 외의 자로부

터 기부받은 지정기부금에 해당하는 자산(금전 외의 자산)은 기부한 자의 기부 당시

장부가액[사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우만 해당한다)의 경우에는 취득 당시

의 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을 말한다]을 취득가액으로 한다고 규정하

였다[이하, 위 괄호 안의 부분{사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우만 해당한다)

의 경우에는 취득 당시의 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을 말한다}을 ‘이

사건 괄호 부분’이라 한다].

그리고 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것,

이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제89조 제1항은 자산의 취득가액으로 ‘타인으로

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부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액’(제1

호), ‘자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비

ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비

기타 부대비용의 합계액’(제2호), ‘제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명

한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령

이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액’(제3호)을 각각 규

정하고 있다.

나. 이 사건 괄호 부분이 구 법인세법 제41조의 위임 범위를 벗어나 무효인지 여부

1) 원고의 주장

구 법인세법 제41조는 ‘자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항’을 이 사건 조항

에 위임하였을 뿐 ‘자산의 취득주체’와 ‘자산의 취득시점’까지 이 사건 조항에 위임하였

다고 볼 수 없다. 그런데 이 사건 괄호 부분은 별다른 합리적인 이유 없이 공익법인이

기부받은 현물자산의 가액 평가 시점을 구 법인세법 제41조에 정해진 시점인 ‘기부 당

시(공익법인의 취득 당시)’가 아닌 ‘기부자 개인의 최초 취득 당시’로 정하였으므로, 이

사건 괄호 부분은 구 법인세법 제41조의 위임 범위를 벗어나 무효이다. 따라서 이 사

건 처분은 무효인 이 사건 괄호 부분에 기초한 것으로서 위법하다.

2) 판단

구 법인세법 제41조 제1항 제3호는 ‘제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의

대통령령으로 정하는 금액’이라고 정하고 있을 뿐 ‘제1호 및 제2호 외의 자산은 내국법

인의 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액’이라고 규정하고 있지 않으므로, 구 법인

세법 제41조 제1항 제3호가 자산 취득가액의 평가 시점을 ‘내국법인의 취득 당시’로

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제한하고 있다고 단정할 수 없다. 따라서 구 법인세법 제41조 제2항에 따라 ‘자산의 취

득가액의 계산에 필요한 사항’에 관한 위임을 받은 이 사건 괄호 부분이 공익법인이

기부받은 현물자산의 가액 평가 시점을 ‘기부한 자의 취득 당시’로 규정하였다고 하여

구 법인세법 제41조의 위임 범위를 벗어났다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이

유 없다.

다. 이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’가 공익법인의 취득 당시를 의미하는지 여부

1) 당사자들의 주장

가) 원고

설령 이 사건 괄호 부분이 무효가 아니더라도, 다음 사정에 비추어 이 사건

괄호 부분의 ‘취득 당시’는 공익법인(원고)의 취득 당시를 의미하므로, 이와 달리 이 사

건 괄호 부분의 ‘취득 당시’가 기부자 개인(B)의 취득 당시를 의미한다는 전제에 선 이

사건 처분은 위법하다.

⑴ 이 사건 조항이 신설된 것은 공익법인이 특수관계자 외의 자로부터 금전

외의 자산(현물자산)을 지정기부금으로 제공받은 경우 기부법인의 장부가액과 공익법

인의 취득가액을 일치시키기 위한 것이다. 그런데 법인이 아닌 개인이 현물자산을 기

부한 경우 개인이 제공한 현물자산의 가액은 ‘제공한 때의 시가(시가가 장부가액보다

낮은 경우에는 장부가액)’(구 소득세법 시행령 제81조 제3항, 제118조의7 제1항)이므

로, 이 사건 괄호 부분에서 ‘취득 당시의 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을

말한다’고 규정한 것은 개인의 기부금 가액과 공익법인의 해당 현물자산 취득가액을

‘기부 당시(공익법인의 취득 당시)의 시가’로 일치시키기 위한 것이라고 보아야 한다.

⑵ 구 법인세법 제41조, 이 사건 조항은 ‘취득’의 주체를 공익법인으로 규정하

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고 있고, 이 사건 조항 중 괄호 바깥에 있는 ‘기부 당시’가 이 사건 괄호 부분까지 수

식한다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’는 ‘공익법인의 취득 당

시’를 의미하는 것으로 해석하여야 한다.

⑶ 이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’를 ‘공익법인의 취득 당시’로 해석하지 않

는다면, 공익법인이 특수관계가 있는 자로부터 주식을 기부 받는 경우에는 공익법인의

취득가액이 기부 당시의 시가여서 공익법인이 주식을 즉시 처분하더라도 처분이익이

생기지 않는 반면, 공익법인이 특수관계 없는 개인으로부터 기부 받는 경우에는 공익

법인의 취득가액이 기부자의 취득 당시 취득가액이어서 공익법인이 주식을 즉시 처분

할 경우 처분이익이 발생하여 과세문제가 발생하게 되는 불합리한 결과가 초래된다.

나) 피고

① 이 사건 괄호 부분은 ‘사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우만 해당한

다)의 경우에는 취득 당시의 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을 말한다.’고 규

정하고 있는데, 구 소득세법 시행령 제89조는 거주자 개인의 자산 취득가액에 관하여

규정하고 있으므로, 이 사건 괄호 부분의 ‘취득’의 주체는 기부자인 개인이라고 보아야

하는 점, ② 법인세법 시행규칙 별지 제63호의3 서식(기부금영수증)의 작성방법에도 개

인이 사업소득과 관련 없는 자산을 기부한 경우 개인의 최초 취득가액을 기재하도록

명시하고 있는 점 등에 비추어, 이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’는 기부자 개인의 취

득 당시를 의미하는 것으로 보아야 한다.

2) 판단

관계 규정의 내용과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어

보면, 이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’는 기부자인 개인이 해당 자산을 취득한 당시를

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의미한다고 해석함이 타당하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유

없다.

가) 이 사건 괄호 부분은 ‘사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우만 해당한

다)의 경우에는 취득 당시의 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을 말한다.’고 규

정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 각 호는 자산의 취득 원인으로 매입

(제1호), 제조, 생산, 건설(제2호), 그 외의 원인(제3호)을 정하면서 각 취득 원인 별로

자신의 취득가액을 정하고 있다. 그런데 이 사건 조항 및 이 사건 괄호 부분에서 상정

하고 있는 공익법인의 자산 취득 원인은 ‘기부’일 뿐이므로, 만약 이 사건 괄호 부분의

‘취득 당시’가 ‘공익법인의 취득 당시’를 의미하는 것이라면 입법자로서는 굳이 자신 취

득 원인 별로 취득가액을 달리 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제89조에 규정된 가액

을 자산의 취득가액으로 정한다고 규정할 필요가 없다. 오히려 입법자는 이 사건 괄호

부분의 ‘취득 당시’가 ‘기부자 개인의 취득 당시’를 의미한다는 전제에서 기부자 개인의

자산 취득 원인에 따라 취득가액을 달리 적용할 수 있도록 구 소득세법 시행령 제89조

에 규정된 가액을 자산의 취득가액으로 정한다고 규정한 것으로 보인다.

나) 이 사건 조항은 “특수관계인 외의 자로부터 기부받은 지정기부금에 해당하

는 자산은 기부한 자의 기부 당시 장부가액[사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우

만 해당한다)의 경우에는 취득 당시의 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을 말

한다]”라고 규정하고 있다. 만약 이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’가 ‘공익법인의 취득

당시(기부자 개인의 기부 당시)’를 의미하는 것이라면, 이 사건 괄호 부분 밖에서 이미

‘기부한 자의 기부 당시’라고 규정하고 있는 이상 입법자로서는 이 사건 괄호 부분을

‘사업소득과 관련이 없는 자산의 경우에는 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액을

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말한다.’라고 규정하면 충분하고, 굳이 이 사건 괄호 부분에 ‘취득 당시의’라는 문언을

추가할 필요가 없다.

다) 2021. 3. 16. 기획재정부령 제844호로 개정되어 2023. 3. 20. 기획재정부령

제965호로 개정되기 전의 법인세법 시행규칙 별지 제63호의3 서식(기부금영수증)1) 역

시 다음 글상자 기재와 같이 공익법인이 특수관계가 없는 개인으로부터 현물자산을 기

부받은 경우 ‘단가’란에 기부한 자의 기부 당시 장부가액을 적되 개인이 사업소득과 관

련 없는 자산을 기부한 경우에는개인의 최초 취득가액을 적도록 규정하였다.

라. B의 이 사건 주식 취득가액 산정에 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호가

적용되는지 여부

1) 당사자들의 주장

가) 원고2)

1) 해당 법인세법 시행규칙이 적용될 당시 시행되던 법인세법 시행령 제72조 제2항 제5의3호의 내용은 이 사건 조
항의 내용과 거의 유사하다.

2) 원고는 그 외에 ‘B가 이 사건 주식을 취득하게 된 원인 및 그 시기를 개별적으로 특정하는 것이 곤란하거나 불
가능하므로, 이 사건 괄호 부분에 따른 취득가액(B의 취득 당시의 구 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액)
을 산정할 수 없다. 따라서 보충적 규정인 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제7호에 따라 원고의 취득 당시 시
가를 이 사건 주식의 취득가액으로 보아야 한다.’고도 주장하나(2023. 6. 1.자 준비서면), 이후 피고가 B의 이 사
건 주식 취득 원인 및 시기를 특정함에 따라 이 사건 괄호 부분에 따른 이 사건 주식의 취득가액을 산정하는
것이 불가능하다고 볼 수 없게 되었을 뿐더러 문언상 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제7호가 이 사건 조항
에 따른 취득가액 산정이 불가능할 경우 적용되는 보충적 규정이라고 보기도 어려우므로, 원고의 위 주장은 이

4. ❹ 기부내용의 구분란에는 "금전기부"의 경우에는 "금전", "현물기부"의 경우에는 "현물"로 적고,

내용란은 현물기부의 경우에만 적습니다. "현물기부"시 "단가"란은 아래 표와 같이 기부자, 특수관계

여부 등에 따라 장부가액 또는 시가를 적습니다.

 

구 분
기부자 기부받는

공익법인법인 개인
특수관계가 있는 경우 Max(장부가액,시가)

Max(장부가액,시가)
시가

특수관계가 없는 경우 장부가액 장부가액*

* 기부한 자의 기부 당시 장부가액, 개인이 사업소득과 관련 없는 자산을 기부한 경우:개인의 최

초 취득가액

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피고는 B가 유상증자의 방법으로 이 사건 주식을 취득하였다고 보아 이 사건

주식이 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호에 규정된 ‘타인으로부터 매입한 자산’

에 해당한다고 주장한다. 그러나 B는 합병 전 C가 합병되는 과정에서 이 사건 합병신

주를 주식 교환(합병 전 C의 주권을 제출하고 이 사건 합병신주를 교부받는 방법)을

통해 취득하였고, 합병과 유상증자는 구분되는 제도이므로, B가 이 사건 주식을 타인

으로부터 매입하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 주식의 취득가액 산정에 구 소득

세법 시행령 제89조 제1항 제1호가 적용된다고 볼 수 없다.

나) 피고

B는 이 사건 주식을 유상증자의 방법으로 취득하였는데, 유상증자의 방법으로

취득한 주식은 ‘타인으로부터 매입한 자산’에 해당하므로, 이 사건 주식의 취득가액 산

정에는 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호가 적용된다.

2) 판단

앞서 본 처분의 경위와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비

추어 보면, B가 이 사건 주식을 취득한 것이 ‘타인으로부터 매입한 자산’에 해당한다고

볼 수 없으므로, B의 이 사건 주식 취득가액을 산정하는 데 구 소득세법 시행령 제89

조 제1항 제1호가 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 이 점을 지적하는 원고의 이 부분

주장은 이유 있다.

가) 피고는 B가 이 사건 주식을 유상증자의 방법으로 취득하였다고 주장하나, B

는 2009 사업연도와 2010 사업연도에 ‘합병 전 C’가 발행한 주식을 유상증자의 방법으

로 취득하였을 뿐, 이 사건 주식을 비롯한 ‘E’가 발행한 주식을 유상증자의 방법으로

유 없다.

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취득한 것이 아니다.

나) B는 E가 합병 전 C를 흡수합병함에 따라 기존에 보유하던 합병 전 C 발행

주식에 대하여 배정비율을 적용하여 산정한 이 사건 합병신주를 취득하게 된 것이므

로, B는 ‘합병’을 취득 원인으로 하여 이 사건 주식을 비롯한 이 사건 합병신주를 취득

하였다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 피고는 ‘합병’은 2개 이상의 회사가 하나의 회사가 되어 1개 회사

이상의 소멸과 권리․의무의 포괄적 이전을 생기게 하는 일단의 행위를 말하는 것으로

서 그 행위의 주체는 ‘회사’일 뿐이므로, B가 합병으로 인하여 이 사건 주식을 교부받

았다고 하여 B의 이 사건 합병신주 취득가액 계산 시 소득세법상 취득사유를 ‘합병’으

로 보아 취득가액을 계산해야 한다고 볼 수는 없다고 주장하나, 피고가 주장하는 사정

만으로 B의 이 사건 합병신주 취득 원인이 합병이 아니라고 볼 수는 없다(소득세법 시

행령에는 명확한 규정이 없으나, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제5호는 합병이 주

식의 취득 원인에 해당한다는 전제에서 합병에 따라 취득한 주식의 취득가액에 관하여

규정하고 있다).

다) B는 소멸회사(합병 전 C)의 주주로서 존속회사(E)로부터 합병대가로 이 사

건 주식을 배정받았을 뿐, 이 사건 주식에 대한 대금을 별도로 지급하지 않았는데, 이

를 두고 B가 이 사건 주식을 매입하였다고 보는 것은 ‘매입하다’의 사전적 의미(‘물건

따위를 사들이다’)에 부합하지 않는다.

라) 구 법인세법 시행령 제72조 제2항도 자산의 취득가액에 대하여 정하면서 타

인으로부터 매입한 자산의 취득가액(제1호)과 합병에 따라 취득한 주식의 취득가액(제5

호)을 구분하여 규정하고 있다.

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마. 이 사건 처분의 법인세 산출세액이 정당세액의 범위에 있는지 여부

1) 피고의 주장

B의 이 사건 주식 취득시기를 2009년으로 보아 취득 당시 유상증자 가액(1주당

6,000원)을 기초로 하여 이 사건 주식의 1주당 취득가액을 산정하면 385.8원이 되는데,

이 사건 주식의 1주당 취득가액을 385.8원으로 보아 산정한 원고의 2017 사업연도 법

인세 산출세액(정당세액)은 이 사건 처분의 법인세 산출세액(64,251,120원)보다 크므로,

이 사건 처분의 법인세 산출세액은 정당세액의 범위 안에 있다고 보아야 한다. 따라서

이 사건 처분은 적법하다.

2) 판단

앞서 본 대로 B는 이 사건 주식을 합병을 통해 취득하였는데, 합병을 통해 취득

한 자산은 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호의 자산(타인으로부터 매입한 자산)

또는 제2호의 자산(자기가 행한 제조․생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산)에 해

당하지 않으므로, 이 사건 주식은 위 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산으로서 그 취득

가액 산정에는 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호가 적용되어야 한다.

그런데 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호, 소득세법 시행규칙 제48조에

따르면, 이 사건 주식의 취득가액은 ‘이 사건 주식의 취득 당시의 구 법인세법 시행령

제89조를 준용하여 계산한 금액에 취득세․등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액’

이 되는데, 피고는 위 금액에 대하여 주장하거나 증명한 사실이 없다(이 사건 주식의

1주당 취득가액 385.8원은 피고의 주장에 따르더라도 구 소득세법 시행령 제89조 제1

항 제1호에 따라 계산한 금액일 뿐이다).

따라서 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호에 따라 산정한 B의 이 사건 주

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식 취득가액 및 원고의 이 사건 주식 처분이익을 산정할 수 없어 원고의 2017 사업연

도 법인세의 정당한 세액을 산정할 수 없으므로, 피고가 주장하는 사정과 제출한 증거

만으로는 이 사건 처분의 법인세 산출세액(64,251,120원)이 정당세액의 범위 내에 있다

고 단정할 수 없다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

바. 소결

이 사건 괄호 부분의 ‘취득 당시’는 ‘공익법인(원고)의 취득 당시’가 아닌 ‘기부자

개인(B)의 취득 당시’를 의미하는 것으로 해석되므로, 원고의 이 사건 주식 취득가액은

‘B의 이 사건 주식 취득 당시의 구 소득세법 시행령 제89조에 따른 취득가액’이 된다.

그런데 B는 이 사건 주식을 합병을 통해 취득하였고, 합병을 통해 취득한 이 사건

주식이 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제1호에 규정된 ‘타인으로부터 매입한 자산’

에 해당한다고 볼 수 없으므로, B의 이 사건 주식 취득가액 산정에는 구 소득세법 시

행령 제89조 제1항 제1호가 적용될 수 없다.

그럼에도 피고는 B의 이 사건 주식 취득가액 산정에 구 소득세법 시행령 제89조

제1항 제1호가 적용된다는 전제에서 이 사건 주식의 취득가액을 1주당 500원으로 보

아 이 사건 처분을 하였고, 나아가 피고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분의 법

인세 산출세액이 정당세액의 범위 내에 있다고 볼 수도 없으므로, 이 사건 처분은 위

법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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별지

관계 규정

■ 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것)

제41조(자산의 취득가액)

① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의

금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대

비용을 더한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산은 제작원

가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은

대통령령으로 정한다.

■ 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것)

제72조(자산의 취득가액 등)

② 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한

금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물

등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법

제52조 제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16

조 제1항 제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조

제1항 제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의

재산가액의 합계액을 뺀 금액

5의3. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조에 따른 공익법인 등이 기부받은 자산: 제87조

제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인 외의 자로부터 기부받은 법 제24조

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제1항에 따른 지정기부금에 해당하는 자산(제37조 제1항에 따른 금전 외의 자산만 해

당한다)은 기부한 자의 기부 당시 장부가액[사업소득과 관련이 없는 자산(개인인 경우

만 해당한다)의 경우에는 취득 당시의 「소득세법 시행령」 제89조에 따른 취득가액

을 말한다]. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 증여세 과세가액에 산입되지 아니

한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 출연재

산에 대하여 증여세의 전액이 부과되는 경우에는 기부 당시의 시가로 한다.

7. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

제89조(시가의 범위 등)

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의

불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래

된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우

해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계

산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경

우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을

제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의

규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증

여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평

가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식

으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세

및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준

용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전

6개월"로 본다.

■ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것)

제12조(공익법인등의 범위)

법 제16조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해

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당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다.

9. 「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제1호 각목의 규정에 의한 지정기부금단체등 및 「소득

세법 시행령」 제80조 제1항 제5호에 따른 기부금대상민간단체가 운영하는 고유목적사업.

다만, 회원의 친목 또는 이익을 증진시키거나 영리를 목적으로 대가를 수수하는 등 공익성

이 있다고 보기 어려운 고유목적사업을 제외한다.

■ 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것)

제89조(자산의 취득가액등)

① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금

액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ

하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비

용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외

의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세

기타 부대비용을 가산한 금액

■ 소득세법 시행규칙

제48조(시가의 계산)

영 제89조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89

조를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(끝)