[행정 판결문] 서울행정법원 2023구합52246 - 법인세경정거부처분취소

 

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서 울 행 정 법 원

제 8 부

판 결

사 건 2023구합52246 법인세경정거부처분취소

원 고 A

피 고 영등포세무서장

변 론 종 결 2024. 3. 26.

판 결 선 고 2024. 6. 11.

주 문

1. 피고가 2022. 5. 19. 원고에 대하여 한 법인세 879,616,831원의 경정거부처분 중

13,806,111원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 19. 원고에 대하여 한 법인세 879,616,831원에 관한 경정거부처분을

취소한다.

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이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 미국법인으로, 자회사들을 통하여 특허를 확보한 후 이를 대여하여 대가

를 받는 사업을 영위하는 회사이다.

나. 원고의 자회사인 아일랜드 법인 B는 2019. 10. 30. 대한민국 법인인 C와 사이에

특허권 사용계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.

다. C는 2019. 12. 13. B에게 이 사건 계약에 따라 5,810,565,417원(미화

4,912,551.08달러, 이하 ‘이 사건 사용료’라 한다)을 지급하면서, 이 사건 사용료를 원고

의 국내원천소득으로 보아, ‘대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세

회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ‘한·미 조세조약’이라

한다)‘ 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여, 2019 사업연도 법인세(원천세)

879,616,831원을 원천징수한 후 피고에게 납부하였다.

라. 원고는 피고에게 ’이 사건 사용료는 한·미 조세조약의 해석상 국내원천소득에 해

당하지 않으므로 C가 원천징수한 법인세액이 환급되어야 한다‘는 취지로 경정청구를

하였으나, 피고는 2022. 5. 19. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 이에 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022. 10. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

이 사건 사용료에 적용되는 한·미 조세협약 제6조 제3항에 의하면, 미국법인이 국

내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용

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대가로 받는 사용료 소득만이 국내원천소득에 해당하고, 국내에 등록되지 않은 특허권

의 사용대가로 받는 사용료 소득은 국내원천소득으로 볼 수 없어 원천징수대상에 해당

하지 않으므로, 이 사건 사용료는 원천징수의 대상이 되지 않는다. 따라서 이 사건 사

용료 전부가 국내원천소득에 해당하여 원천징수대상이 된다는 전제에서 원고의 경정청

구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 사용료 중 국내 미등록 특허권에 대한 부분의 국내원천소득 해당 여부

1) 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세

법’이라 한다) 제3조 제1항 제2호는 외국법인에 대하여 국내원천소득이 있는 경우에만

법인세 납세의무가 있는 것으로 규정하고 있고, 제3조 제4항, 제98조 제1항은 외국법

인에 대하여 제93조 제8호 등의 일정한 국내원천소득의 금액을 지급하는 자는 해당 법

인세를 원천징수할 의무가 있다고 규정하고 있다.

그런데 법인세법 제93조는 ‘외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호의 구분에 따

른 소득으로 한다’고 하면서, 제8호에서 ‘국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나

에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 ’권리등‘이라 한다)를 국내에서 사용

하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생

하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소득

의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한

대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허

권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에

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서 ’특허권등‘이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매

등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다’고 규

정하고 있다.

한편 한·미 조세조약 제14조 제4항은 “본 조에서 사용되는 ‘사용료’라 함은 다음

의 것을 의미한다.”고 하면서, 제a호에서 ’문학ㆍ예술ㆍ과학작품의 저작권 또는 영화필

름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면,

비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기

능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

‘을 규정하고 있고, 제6조는 ’이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다‘고

하면서, 제3항에서 ’제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여

동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대

하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다‘고 규정하고 있다.

2) 앞서 본 바와 같이 법인세법 제93조 제8호 단서 후문이 ’외국법인이 특허권 등

을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내

에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득

으로 본다‘고 규정하고 있기는 하나, 헌법 제6조 제1항은 ‘헌법에 의하여 체결ㆍ공포된

조약과 일반적으로 승인된 국제법규는 국내법과 같은 효력을 갖는다’고 규정하고 있으

므로 국회의 동의를 얻어 체결된 조세조약은 법률에 준하는 효력을 가지고, 나아가 조

세조약에서 규율하고 있는 법률관계에 있어서는 당해 조약이 국내법의 특별법적인 지

위에 있으므로 국내법보다 우선하여 적용된다고 보아야 하며, 국내원천소득에 해당하

는지 여부에 관한 판단은 과세권의 배분과 관련된 것으로서 과세권의 배분에서는 조세

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조약이 우선하므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허

권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는

소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한·미 조세조약에 따라 판단하는 것이 타당하다.

이러한 측면에서 보면, 구 국제조세 조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제

16099호로 개정되기 전의 것) 제28조의 ‘비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구

분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세협약이 우선

하여 적용된다’는 규정은 원천지국의 과세여부 및 제한규정을 적용함에 있어 국내세법

에 대한 조세조약의 우위를 확인하는 규정으로 해석함이 타당하므로, 위 규정이 국제

조세 조정에 관한 법률이 2018. 12. 31. 개정되면서 삭제되었다고 하더라도, 앞서 한

판단과 달리 볼 수는 없다.

3) 그런데 한·미 조세조약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한·미 조

세조약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건

을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리

는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아, 미국법인이 국내

에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대

가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고

2005두8641 판결 참조), 한·미 조세조약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특

허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관

념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록

하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가

될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다고 봄이 타당하므로(대법원 2014.

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11. 27. 선고 2012두18356 판결, 대법원 2018. 12. 27. 선고 2016두42883 판결 등 참

조), 이 사건 사용료 중 국내 미등록 특허권에 대한 부분은 국내원천소득 해당한다고

볼 수 없다.

4) 피고는 “이 사건 계약상 이 사건 사용료에는 비독점 라이선스 부여에 대한 대

가뿐 아니라, ’향후 발생할 가능성이 있는 라이선스 관련 청구 등과 관련한 쌍방에 대

한 면책, 독일 내에서 발생한 특정 분쟁절차 종료에 대한 합의‘ 등 ’기타 권리‘에 대가

가 포함되어야 있으므로(제5.1조 등) 이 사건 사용료는 일종의 사례금 내지 합의금의

성격을 가진다. 사례금 내지 합의금 소득에는 한·미 조세조약이 적용되지 않으므로, 이

사건 사용료는 법인세법 제93조 제10호 (차)목의 ’국내에서 하는 사업이나 국내에서 제

공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 생긴

소득’에 해당하여 외국법인의 국내원천소득에 해당한다.”고도 주장한다.

그러나 이 사건 계약의 내용에 의하면 이 사건 사용료는 B가 C에 특허의 사용

권을 부여하고 그 대가로 지급받은 금액임이 분명하다고 보이며, 이 사건 계약에 규정

되어 있는 ’향후 발생할 가능성이 있는 라이선스 관련 청구 등과 관련한 쌍방에 대한

면책, 독일 내에서 발생한 특정 분쟁절차 종료에 대한 합의(제4.1조, 제4.2조, 제4.4조)‘

등의 내용은 특허권 사용계약에 부수하여 당사자들의 권리의무를 정한 것에 불과하다

고 보일 뿐, 이 사건 사용료의 지급에 대응하는 것이라고 보기는 어렵다. 게다가 법인

세법 제93조 제10호 (차)목의 소득에 해당하기 위해서는 ‘국내에서 하는 사업이나 국내

에서 제공하는 인적용역 또는 국내에 있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익’에

해당하여야 하는데, 이 사건 사용료가 이와 같은 요건을 구비하였다고 인정할 만한 자

료도 없다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

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라. 취소의 범위

한편 이 사건 사용료 중 원천징수의 대상이 되는 ‘국내에 등록된 특허권의 사용

대가’와 관련하여, 원고는 ‘이 사건 계약의 대상인 특허권 29,876개 중 국내에 등록된

특허권은 1,443개이고, 특허권 사용료 미화 4,912,551.08달러 중 위와 같이 국내에 등

록된 특허권의 사용대가에 해당하는 부분의 액수는 미화 77,816달러(92,040,764원)이

다. 따라서 이 사건 사용료에 대한 법인세 원천세액은 13,806,111원(= 92,040,764원 X

제한세율 15%)이다’고 주장하는바, 이 사건 처분 중 위 13,806,111원에 대하여는 원고

스스로 그 적법성을 자인하고 있다고 보인다.

따라서 이 사건 처분 중 13,806,111원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 부분

은 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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[별지]
관계 법령

■ 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것)
제3조(납세의무자)
① 다음 각 호의 법인은 이 법에 따라 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.
(생략)
2. 국내원천소득(국내원천소득)이 있는 외국법인
(후략)
④ 이 법에 따라 법인세를 원천징수하는 자는 해당 법인세를 납부할 의무가 있다.
제93조(외국법인의 국내원천소득)
외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호의 구분에 따른 소득으로 한다.
(1~7. 생략)
8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 "권리

등"이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양
도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 그 소
득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국
내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디
자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 "특허권등"이라 한다)는 해당 특허권등
이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내
에서 사용된 것으로 본다.

가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비
밀스러운 공식 또는 공정(공정), 라디오·텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산
이나 권리

나. 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우
(9. 생략)
10. 국내원천 기타소득: 제1호부터 제9호까지의 규정에 따른 소득 외의 소득으로서 다음 각 목의 어느

하나에 해당하는 소득
(가~자. 생략)

차. 가목부터 자목까지의 소득 외에 국내에서 하는 사업이나 국내에서 제공하는 인적용역 또는 국내에
있는 자산과 관련하여 제공받은 경제적 이익으로 생긴 소득(국가 또는 특별법에 따라 설립된 금융
회사 등이 발행한 외화표시채권을 상환함으로써 받은 금액이 그 외화표시채권의 발행가액을 초과
하는 경우에는 그 차액을 포함하지 아니한다) 또는 이와 유사한 소득으로서 대통령령으로 정하는
소득

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제98조(외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례)
① 외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호 및 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 국내원천소득으로서

국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국
내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자(제93조제7호에 따른 국내원
천 부동산등양도소득의 금액을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제97조에도 불구하고 그
지급을 할 때에 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 해당 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로
서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라
납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

(1~5. 생략)
6. 제93조제8호에 따른 국내원천 사용료소득: 지급금액의 100분의 20
(후략)

■ 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투
자의 증진을 위한 협약

제6조
소득의 원천
이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.
(생략)
(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)

의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어는 체약국 내의 동 재산의 사용
또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.

제14조
사용료
(1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방

체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼
센트를 초과해서는 아니된다.

(중략)
(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다.

(a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작
권 특히, 의장,신안,도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지
식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하
지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금

(b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소
득중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산
성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련

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하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.
끝.